เดิมทีศูนย์แห่งนี้ได้ก่อตั้งขึ้นจากดำริของผู้บริหาร ณ วันที่ 10 เมษายน พ.ศ. 2551 ให้จัดตั้งศูนย์ฝึกทักษะทางคลินิก (Clinical Skills Center) โดยคำนึงถึงนิสิตแพทย์ว่าในอนาคตจะต้องเป็นบัณฑิตแพทย์ที่มีคุณสมบัติตามเกณฑ์มาตรฐานแพทยสภา และเพื่อให้สอดคล้องกับแผนยุทธศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ฉบับที่ 10 (พ.ศ. 2551 – 2554) ประเด็นยุทธศาสตร์ที่ 1 ผลิตบัณฑิตแพทย์เฉพาะทางและบุคลากรทางการแพทย์ที่มีเอกลักษณ์และมีคุณภาพ โดยมีเป้าประสงค์ที่ 1.3 ส่งเสริมให้นิสิตมีศักยภาพในการพัฒนาด้านร่างกาย จิตใจ สติปัญญา และบุคลิกภาพ และมีกลยุทธ์ที่ 1.3.4 เพื่อส่งเสริมและพัฒนากระบวนการเรียนรู้ด้วยตนเองของนิสิต และปลูกจิตสำนึกการเรียนรู้ตลอดชีวิต จนกระทั้งปี พ.ศ. 2560 รองคณบดีฝ่ายนวัตกรรมการศึกษาและสารสนเทศ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาฯ ได้ขอความเห็นชอบจากประธานคณะกรรมการบริหารและพัฒนาศูนย์ฝึกทักษะทางคลินิก และศูนย์เสมือนทางการแพทย์ ให้รวมหน่วยงาน 2 หน่วยเข้าด้วยกัน คือ ศูนย์ฝึกทักษะทางคลินิก (Clinical Skills Center) และศูนย์พัฒนาทักษะการแพทย์เสมือนจริง (Medical Simulation Training Center) และเปลี่ยนชื่อหน่วยงานใหม่เป็น ศูนย์ฝึกทักษะการแพทย์เสมือนจริง (Clinical Skills and Simulation Center) ณ วันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2560